Kesaco

L’objet de ce projet est de regrouper un certain nombre de modèles et d’outils numériques pour les applications cliniques en oncologie. Le but est de construire un logiciel de prognose numérique utilisable parles cliniciens et une plateforme rapide de validation des modèles.

Construction de la database

Les méthodes décrites devraient fonctionner pour tous les codes qui lisent leurs paramètres par une méthode d’eLYSe.

Script ruby générique

Lancer le script dbbuilder.rb par le script PBS dans le même dossier. Dans ce script sont définies toutes les variables utiles. La discrétisation de l’espace des paramètres est décrite par la chaine

PARAMSTR="hypoxie=(0.1,1.0,10);gamma0=(0.1,1,4);alpha0=(0.1,1.0,10);beta=(0.1,1.0,10)"

Dans chaque parenthèse (a,b,c)a est la valeur de départ du paramètre considéré, b la valeur finale et c le pas.

Code C++ pour les modèles de la bibliothèque (Models/KModLib)

Le code est dans Database/DBbuilder-KModel. Tout la paramétrisation est faite (et commentée) dans le fichier PBS.

Récupération des paramètres

Description générale de la méthode : pour démarrer il faut au moins deux images (CT, MRI) de l’évolution de la tumeur ou du nodule étudiés. Eventuellement, il faut recaler les images par une étape de remapping non décrite ici.